Agrupamento de Escolas Guerra Junqueiro constituiu-se no ano letivo 2001/2002, com o nome de Agrupamento de Escolas de Freixo de Espada à Cinta. A partir do ano letivo 2018/2019, passou a designar-se por Agrupamento de Escolas Guerra Junqueiro, em homenagem ao famoso escritor e político nascido no concelho de Freixo de Espada à Cinta.